“Hệ vi sinh đường ruột” hay còn gọi là “hệ thực vật đường ruột” là cộng đồng của các vi sinh vật sống trong hệ tiêu hoá của chúng ta.

Số lượng vi khuẩn sống trong ruột người có thể lên đến hàng trăm nghìn tỉ, đa số cư trú ở cuối ruột non đến ruột già. Nhiều nghiên cứu cho rằng vi khuẩn đường ruột tạo thành các tập hợp nhỏ để cân bằng lẫn nhau, tạo nên một hệ sinh thái thống nhất.

Hệ thực vật đường ruột bao gồm vi khuẩn tốt (lợi khuẩn) và vi khuẩn xấu (hại khuẩn). Vi khuẩn tốt có tác động tích cự đến sức khoẻ con người nhờ khả năng tổng hợp vitamin, hỗ trợ tiêu hoá và tăng cường miễn dịch. Trong khi đó, vi khuẩn xấu thường tạo ra độc tố và các chất thải. Nhìn chung, vi khuẩn tốt và xấu sẽ cạnh tranh lẫn nhau, ảnh hưởng đến sự hoạt động của nhau trong môi trường ruột của con người.